一代名将戚继光在阳历1588年1月17日离开了人间，按照阴历计算，为万历十五年十二月十二日。如果这消息已为皇帝所获悉，则多半是出于东厂中秘密警察的劳绩，因为政府的正式档案中并没有提到这件事情。
三个月以前，戚继光的名字最后一次在御前提出。一位监察御史上疏建议起用这位已被罢免的将领。这一建议使皇帝深感不悦，建议者被罚俸三月，以示薄惩。戚继光是本朝最有才能的将领，其被劾罢官三年以后仍不能见谅于万历，原因全在于他和张居正的关系过于密切。
但是通观本朝武将的经历，其不幸似乎又不仅止于戚继光一人。甚至可以说，戚继光的谢世纵然并没有得到应有的荣哀，然而他在生前所受到的重视，仍然大大超过了其他将领。他的朋友，另一位名将俞大猷，和戚继光一样，具有再造本朝军事力量的宏图，但却屡被参劾并受到申斥，难酬壮志。另外几位高级将领，卢镗先被拘禁，后遭斥革；汤克宽被拘释放，命令他戴罪立功，最终在塞外为国捐躯。戚继光部下的将领胡守仁、王如龙、朱钰、金科等人也受到革职或戍边的处分。惟一的例外则是与他同时的刘显，虽然屡被参劾，却能岿然不动。这并不是朝廷对他特别垂青，而是他负有征剿四川“土蛮”的重任，这一战争旷日持久，也找不到更合适的人选取代他的指挥权。刘显去世以后，他的儿子刘廷被誉为跨灶之儿，继之而成为万历一朝的名将，但也送经革调，1619年和努尔哈赤作战，在仓猝进兵的情况下力战而死。
这些令人同情的遭际，在本朝带有普遍和必然的性质。探本溯源，还必须从本朝文官和武将之间的关系说起。
概括说来，武将领兵作战，和文官集团的施政原则在根本上是不能相容的。当社会和经济的发展不能平衡，冲突激化，以政治手段调剂无效，通常就会导致战争。有时候严重的天灾造成大面积的饥荒，百姓面对死亡的威胁，也会铤而走险，诉诸武力。但是我们帝国的文官，则一贯以保持各方面的平衡作为施政的前提，如果事情弄到动用武力，对他们来说就是失败的象征。他们具有一种牢不可破的观念，即上自国家，下至个人，不能把力量作为权威。如果一个地区有什么特殊的经济利益，那么就应当加以压抑而不是提倡。至于天灾足以引起战争，则尤为无知妄说，因为从道德观念来说，天下的事物无不可以共同分配，灾民的暴动，乃是小人犯上作乱的劣根性使然。
但是就武将来说，他们所受到的训练和战争的经历却养成了和文官截然不同的气质。他们需要具备准确的选择能力和决心，着眼点在于取得实效而不避极端；冲锋陷阵，要求集中全力，对敌人的重点作猛烈打击；退守防御，考虑的是地形的险要和工事的完善，如不可守就要断然放弃；战斗胜利，就一心扩张战果，而不为其他问题而犹豫。在一般情况之下，他们把自己和部下的生命视为赌博场中的筹码，必要的时候可以孤注一掷。而大多数文官则以中庸之道为处世的原则，标榜稳健和平。武人在刀剑矢石之中立下的汗马功劳，在文官的心目中不过是血气之勇，即使克敌制胜，也不过是短暂和局部的成功而已。
在维持军队给养的问题上，同样表现了帝国政府重文轻武的风气。让军人自己组织和管理后方勤务，根本不能考虑；即使是在文官管辖之下，把仓库的地点按照战略需要来作适当的配置，也被看作有悖于平衡施政的原则。这种风气还使军人退伍以后不能得到正常的社会地位。本朝治理农民的根本方针是保持他们的淳朴无知，一个士兵退伍还乡，就等于增加一个无业游民，因为他在军队里所学到的技术和养成的起居习惯，已经难于再度适应农村的生活，事情的复杂性就会因之而增加。军官退伍以后所引起的问题更为严重。在别的国家里，一个退伍军官通常都受到应有的尊敬，如果担任民政职务，他的管理经验也能保证他胜任愉快。然而事情适得其反，我们的军官在长期训练中所培养的严格和精确，退伍以后竟毫无用武之地。他会发现在军队以外，人们所重视的是安详的仪表、华丽的文辞、口若悬河的辩才以及圆通无碍的机智。——总而言之，和他已经取得的能力恰恰相反。
这种观念上的南辕北辙，使文官不仅在精神上对武官加以轻视，而且在实际作战中，他们也常常对高级将领提出无理的指责。如果将领当机立断，指挥部队迅速投入战斗，那是贪功轻进，好勇嗜杀；要是他们暂时按兵不动，等待有利的战机，那又是畏葸不前，玩敌养寇。兵士抄掠百姓，该管的长官自然要受到处分，然而事情的背景却常常是军饷积欠过久。军饷由文官控制，然而一旦发生事故，他们却可以毫不承担责任而由将领们代人受过。
也许是有鉴于唐朝藩镇的跋扈，本朝从洪武开始，就具有这重文轻武的趋向。大约经过了一百年，文官集团进入了成熟的阶段，她们的社会地位上升到历史上的最高点；换句话说，也就是武官的社会地位下降到历史上的最低点。这种畸形的出现，原因在于本朝的政治组织为一元化，一元化的思想基础则是两千年来的孔孟之道。如果让军队保持独立的、严格的组织，和文官集团分庭抗礼，这一元化的统治就不可能如所预期的成长、发展，以至于登峰造极。这种制度既经固定，将领们即使出生入死，屡建奇功，其社会影响，也未必抵得上一篇精彩的大块文章。
这种制度和风气所造成的严重后果早已被事实所证明。本朝的军事应败尽人皆知，但其败坏的程度却出人意外。北方的边境每年都为俺答所入侵，被掳走的人民和劫去的财物不可胜计。1555年戚继光调赴浙江新任的时候，东南沿海也迭经倭寇的蹂躏。正当悲观和惶惑遍布于滨海各省，一股50至70人的海寇竟创造了一个奇迹。他们登陆后深入腹地，到处杀人越货，如入无人之境，竟超过杭州北新关，经淳安入安徽歙县，迫近芜湖，围绕南京兜了一个大圈子，然后趋秣陵关至宜兴，退回至武进。以后虽然被歼，但是被他们杀伤的据称竟有四千之多。而南京为本朝陪都，据记载有驻军12万人。这样的军事行动，在世界战争史上亦当称为罕见。
面对这样令人焦虑的局面，戚继光的任务决不仅止于单纯地击败倭寇。他首先要组织一支新型的军队。从他的军事著作《纪效新书》中可以看到如何有条不紊地实施他的建军方案：宣布招兵的办法，规定月饷的数字，拟订分配列兵职务的原则，明确官兵的职责，设计队、哨、局的组织，统一武器的规格，颁发旗帜金鼓这一类通讯器材，等等。建军方案的核心部分是确立铁一般的军法。军法的精神在于“集体负责”，即所谓“连坐法”，一队和一哨的官兵要互相保证在作战中勇往直前，不得退却。一人退却则一人被斩首，全队退却则队长被斩首，队长殉职而全队退却则全队被斩首。
《纪效新书》所涉及的内容非常广泛，甚至还记载了一种制作干粮的方法。然则这部著作的出现，也正好在另一个角度上反映出了当时的军训军令都没有固定的准则，专门研究军事技术的学校从未成立。如果部队手册、战斗纲要、编制表、后勤补给图解和军法条文等为军中必需的文字材料曾经存在，那么，它们不是没有付诸实施，就是早已不合现状，所以戚继光才会在他的书里不厌其详地作出规定和阐述。
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